作者:Michelle Tetreault Carlson 來源:美國MoBio實(shí)驗(yàn)室
大多數(shù)情況下選擇一款合適的DNA盒子都很簡單。如果你要提取肺部組織DNA,就選Tissue DNA Isolation Kit。如果要提取微生物純培養(yǎng)的DNA,選Microbial DNA Isolation Kit。但若你要提取的是肺組織里頭的微生物DNA呢?該選Tissue DNA Isolation Kit,還是Microbial DNA Isolation Kit呢?若要提取土壤樣品中動(dòng)物組織的DNA時(shí),又該選擇Tissue DNA Kit還是Soil DNA Isolation Kit呢?問題有點(diǎn)棘手。這類復(fù)雜狀況賬MOBIO技術(shù)支持收到的技術(shù)咨詢一大部分。針對這些問題,我們一直在研究說明書應(yīng)對不同場景。下面我們來探討3種較常見的情景,以及給出了較佳處理辦法。
提取組織樣品中的微生物DNA
使用的試劑盒:UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation Kit 動(dòng)物組織細(xì)胞DNA提取試劑盒
傳統(tǒng)組織試劑盒非常適合提取真核細(xì)胞DNA,但通常對微生物細(xì)胞提取效果不好。微生物細(xì)胞較難裂解。所以客戶對于我們建議使用UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation kit提取感染動(dòng)物組織細(xì)菌或真菌DNA時(shí)都會(huì)倍感驚訝。MOBIO的UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation kit一大優(yōu)勢是采用的珠磨研磨法均質(zhì)化組織。研磨珠套管帶有0.7mm石榴石研磨珠非常適合用于裂解細(xì)胞和真菌細(xì)胞。動(dòng)物組織和微生物DNA用這款試劑盒都能提取到。最后用微生物特意引物擴(kuò)增感興趣的細(xì)菌或真菌DNA即可。
提取土壤或糞便樣品中的組織DNA
使用的試劑盒:PowerSoil或PowerFecal(12830.htm) DNA Isolation Kit(修改說明書)
如果想要提取土壤生物蠕蟲或糞便中人的上皮細(xì)胞DNA呢?正常情況下都會(huì)選擇Tissue Kit來提取真核細(xì)胞DNA。但是土壤和糞便中充滿了各種討厭的PCR抑制因子。一款Tissue Kit不會(huì)包含去除這些東西的化學(xué)試劑。為了有效去除腐植酸和多糖等抑制因子,我們建議使用一款含有**抑制因子去除技術(shù)(IRT技術(shù))的試劑盒。MOBIO的PowerSoil和 PowerFecal都使用了IRT技術(shù)。這是,新的問題又來了。PowerSoil和PowerFecal Kits是專門用來提取微生物DNA的。它們采用珠磨研磨法和去垢劑裂解細(xì)菌及真菌,不含有用于去除細(xì)胞核組蛋白用的蛋白酶K。(原核生物沒有細(xì)胞核)
解決辦法是在提取過程中加入蛋白酶K。我們建議在實(shí)驗(yàn)開始前往Bead Tube中加入20μl 蛋白酶K(20mg/μl),完成珠磨研磨后立即65℃孵育30min。如果樣品不是一大塊組織,可以減少甚至放棄珠磨研磨。
植物中的細(xì)菌和/或真菌DNA
使用的試劑盒:PowerPlant Pro DNA Isolation Kit,不用修改說明書
PowerPlant Pro DNA Isolation Kit專門設(shè)計(jì)用于提取各類植物組織樣品DNA。跟PowerSoil Kit一樣含有用于去除多糖和腐植酸等抑制因子的IRT技術(shù)。同時(shí),它還是類分離溶液(PSS溶液),在細(xì)胞裂解前加入以防止多類成分(黃酮類、花青素、木脂素類、單寧酸等)與DNA發(fā)生共價(jià)結(jié)合。PowerPlant Pro Kit在提取過程中也是用了珠磨研磨法,用直徑2.4mm的大個(gè)不銹鋼研磨珠高效破碎植物葉片、莖、根等樣品。
但是,如果你研究的是植物的微生物組學(xué),需要的不是植物DNA呢?在這種情況下,你可能希望盡可能地減少植物DNA,更多的提取到微生物DNA。植物樣品需要IRT技術(shù)來去除多糖多,所以Microbial Kit不適合你。然而,細(xì)菌和真菌用類似Microbial Kit里頭的小個(gè)頭研磨珠才能較有效裂解。我們通常根據(jù)要提取的是植物內(nèi)部還是表面微生物DNA來推薦如何修改PowerPlant Pro Kit的珠磨研磨方法。微生物不在植物內(nèi)部,在表面或接近表面,你可以換用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠以盡可能減少植物DNA的釋放。如果微生物深入在植物組織內(nèi)部,此時(shí)仍需要用2.4mm不銹鋼研磨珠來打碎樣品,在加入0.1mm玻璃研磨珠幫助增強(qiáng)微生物細(xì)胞的裂解。
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來源:深圳市安必勝科技有限公司 轉(zhuǎn)載請注明出處 本周技術(shù)貼很有趣,正如我們所知道的,沒有兩份相同的環(huán)境樣品。被研究的微生物可能處于任何環(huán)境,其生存基質(zhì)就成了大麻煩。所以很難選到一種好的DNA提取方法。還好,在MOBIO我們見識(shí)過、聽說過幾乎所有類型的環(huán)境樣品,而且知道如何處理。 舉以下一個(gè)例子…… 你好MO BIO技術(shù)部, 我正在考慮用你們的PowerSoil Kits做我的實(shí)驗(yàn)。事實(shí)上我并不是
作者:Michelle Tetreault Carlson 來源:美國MoBio實(shí)驗(yàn)室【字號(hào):大 中 小】 **我們發(fā)布了一篇關(guān)于使用MOBIO試劑盒提取棉拭子DNA的文章。提出了基于PCR抑制因子含量、要提取的是微生物還是真核生物DNA的建議。文章包括了不同試劑盒轉(zhuǎn)移棉拭子到研磨管或者收集管的技巧。棉拭子作為一種較快捷容易的樣品采集方式,一直都是技術(shù)支持的熱門話題。 在**篇棉拭子文章之后,我
作者:Suzanne kennedy 來源:美國MoBio實(shí)驗(yàn)室【字號(hào):大 中 小】 我們收到了許多研究者關(guān)于提取糞便樣品(fecal sample)DNA的咨詢電話。在此,提供一些關(guān)于糞便(stool)DNA提取的小建議。 糞便含有種類較其豐富的微生物群體,而每個(gè)人腸道內(nèi)菌群又不一樣。糞便菌群的不同影響因素有很多。其中飲食結(jié)構(gòu)對糞便的成分和性狀影響較大。素食者糞便中含有大量多糖、植物纖維,因此
作者:Suzanne kennedy 來源:美國MoBio實(shí)驗(yàn)室 這個(gè)月我們采訪了明尼蘇達(dá)州州立大學(xué)藥物設(shè)計(jì)中心副教授Dr. Christine Salomon。 Dr. Salomon專注于化學(xué)與微生物生態(tài)學(xué)交叉領(lǐng)域,尋找具有長遠(yuǎn)開發(fā)應(yīng)用潛力的新發(fā)現(xiàn)代謝產(chǎn)物。當(dāng)花費(fèi)大量經(jīng)歷研究地球表面生物,我們對地底下的生物世界卻知之甚少。Dr. Salomon調(diào)查研究了位于明尼蘇達(dá)州北邊的蘇丹礦山深入地下半
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