棉拭子微生物DNA/RNA的提取

時(shí)間：2014-12-19作者：深圳市安必勝科技有限公司瀏覽：209

	作者：Michelle Tetreault Carlson  來源：美國(guó)MoBio實(shí)驗(yàn)室【字號(hào)：大 中 小】


	
		**我們發(fā)布了一篇關(guān)于使用MOBIO試劑盒提取棉拭子DNA的文章。提出了基于PCR抑制因子含量、要提取的是微生物還是真核生物DNA的建議。文章包括了不同試劑盒轉(zhuǎn)移棉拭子到研磨管或者收集管的技巧。棉拭子作為一種較快捷容易的樣品采集方式，一直都是技術(shù)支持的熱門話題。
	
 
	
		在**篇棉拭子文章之后，我們又開發(fā)出了兩款新的試劑盒，一款提取RNA，一款用于高通量快速機(jī)械裂解低微生物豐度/低抑制因子含量棉拭子樣品微生物細(xì)胞。
	
	
		提取棉拭子RNA
	
	
		PowerMicrobiome RNA Isolation Kit專門設(shè)計(jì)用于快速簡(jiǎn)便提取富含PCR抑制因子樣品的總RNA。使用這款試劑盒提取棉拭子，可把棉拭子直接放入含有650μl PM1/βME Solution的Bead Tube中。若棉拭子之前是冷凍保存的，請(qǐng)確保在放入到Bead Tube前沒被化凍。樣品的反復(fù)凍融會(huì)破壞細(xì)胞，并釋放大量RNase到樣品中。樣品一拿出冰箱就直接放入到緩沖液中。在緩沖液中攪動(dòng)棉拭子，靜置數(shù)分鐘以釋放細(xì)胞到溶液中。如果棉拭子的頭部可以弄下來，就把它留在研磨管中。否則對(duì)著管壁盡可能把棉拭子中的水分?jǐn)D壓出來，跟著說明書余下步驟操作。
	
	
		高通量提取棉拭子
	
	
		UltraClean-htp 96 Well Swab DNA Kit可以高通量機(jī)械裂解棉拭子上的微生物細(xì)胞。它并不是一款DNA提取試劑盒，而是直接PCR試劑盒。把棉拭子放到含有0.1mm玻璃研磨珠和SW1 裂解緩沖液的96孔板中。把棉拭子的柄折斷，高度要**96孔板，進(jìn)行珠磨研磨。裂解物可直接進(jìn)行PCR。此試劑盒只能用于含有較少抑制因子而微生物豐度很低的樣品，如皮膚棉拭子。
	
	
		下表集合了MOBIO兼容棉拭子的試劑盒，希望能幫助你快速找到合適的試劑盒。
	
	
		
			
				
					
						挑選一款較適合的棉拭子提取試劑盒
					
				
				
					
						宿主DNA
					
				
				
					
						微生物DNA
					
				
				
					
						宿主或微生物RNA
					
				
			
			
				
					低通量
				
			
			
				
					含較少抑制因子
				
				
					
						UltraClean? Tissue & Cells DNA Isolation Kit (w/proK)
					
				
				
					
						UltraClean? Tissue & Cells DNA Isolation Kit
					
				
				
					PowerLyzer UltraClean? Tissue & Cells RNA Isolation Kit
				
			
			
				
					富含抑制因子
				
				
					
						BiOstic? Bacteremia DNA Isolation Kit
					
					
						(no bead beating)
					
				
				
					
						PowerSoil? DNA Isolation Kit
					
				
				
					
						PowerMicrobiom?e RNA Isolation Kit
					
				
			
			
				
					高通量
				
			
			
				
					含較少抑制因子
				
				
					
						UltraClean?-htp 96 Well Swab DNA Kit
					
				
				
					 
				
			
			
				
					富含抑制因子
				
				
					
						PowerMag? Microbial DNA Isolation Kit
					
				
				
					
						PowerMag? Microbiome RNA/DNA Isolation
					
				
			
		
	
	
		棉拭子的保存
	
 
	
		較近問棉拭子保存方法的比用哪款試劑盒要多?？蛻魰?huì)問到從采樣到運(yùn)送回到實(shí)驗(yàn)室前，應(yīng)該加入什么樣的緩沖液來保存棉拭子。"較好是什么都不要加"，這個(gè)答案或許讓很多人感到驚訝。
	
	
		科羅拉多大學(xué)Rob Knight實(shí)驗(yàn)室在國(guó)家科學(xué)院（PNAS）發(fā)布的一項(xiàng)關(guān)于儲(chǔ)存條件對(duì)皮膚棉拭子細(xì)菌群落多樣性影響的研究。報(bào)告中用濕潤(rùn)的無菌棉拭子擦拭皮膚表面后立刻置于-20℃或-80℃冷凍保存，或放在15ml 圓底Tube管自然干燥。樣品靜置3至14日后提取細(xì)菌DNA。隨后的分析結(jié)果表明，幾種不同的保存條件下的棉拭子細(xì)菌多樣性幾乎沒有差異。對(duì)于距離冰箱很遠(yuǎn)的采樣地點(diǎn)，未來要提取棉拭子DNA的你，可以松一口氣了。
	
	
		棉拭子是個(gè)好用的東東
	
	
		你會(huì)發(fā)現(xiàn)，就算MOBIO名字上不帶"棉拭子"，他們?nèi)赃m合提取棉拭子樣品。若你不確定該用哪款盒子，先想想抑制因子和細(xì)胞類型。而且你不需要用任何昂貴緩沖液保存棉拭子。
	
	
		(1)Forensic identification using skin bacterial communities皮膚細(xì)菌群落輔助法醫(yī)學(xué)鑒定
Noah Fierer, Christian L. Lauber, Nick Zhou, Daniel McDonald, Elizabeth K. Costello, and Rob Knight                  PNAS, Apr 2010; 107: 6477 – 6481.
	


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