手部微生物組學(xué)：你真正的DNA指紋

時(shí)間：2020-01-05作者：深圳市安必勝科技有限公司瀏覽：654

作者：Suzanne kennedy 來(lái)源：美國(guó)MoBio實(shí)驗(yàn)室

遠(yuǎn)在100年前，我們就已經(jīng)知道每個(gè)人都有*一**的指紋，還有*一**的基因序列?，F(xiàn)在，通過(guò)人體微生物組計(jì)劃（Human Microbiome Project）我們還知道，不但每個(gè)人體內(nèi)微生物群落不一樣，連皮膚上的也相差甚遠(yuǎn)。來(lái)自科羅拉多大學(xué)菲勒實(shí)驗(yàn)室的博士后勞伯與我們分享他們揭秘皮膚微生物群落進(jìn)行的有趣工作。

問：較近你們研究小組在PNAS上發(fā)表了一篇文章，展示了通過(guò)比較手和電腦鍵盤上的細(xì)菌群落能推斷一個(gè)人接觸了什么物品，你們是怎么想到要做這方面的研究的？

答：早期工作中，我們研究了不同人手上的微生物多樣性，以及他們?cè)谙词只虿潦镁凭蠖虝r(shí)間內(nèi)的細(xì)菌群落變化。我們很驚訝的發(fā)現(xiàn)，參與測(cè)試的每個(gè)人手上都有一個(gè)*一**的細(xì)菌群落，并且在洗手后兩個(gè)小時(shí)內(nèi)就能重新恢復(fù)。即使是用酒精洗，原來(lái)的細(xì)菌能很快重新生長(zhǎng)并且保持群落結(jié)構(gòu)不變。菌群如此快速恢復(fù)，我們猜測(cè)細(xì)菌可能轉(zhuǎn)移到了我們經(jīng)常接觸的物體上。

問：人與人之間的細(xì)菌群落有多不一樣？住在同一個(gè)屋檐下的人，或者父母小孩之間的細(xì)菌群落會(huì)有共同點(diǎn)嗎？

答：需要做進(jìn)一步的工作來(lái)確定血緣關(guān)系和親近度是如何影響細(xì)菌群落的。然而，目前我們所有的工作表明幾乎所有人的細(xì)菌群落都相對(duì)*一**?，F(xiàn)在我們?cè)跍y(cè)定相對(duì)健康志愿者的微生物組。較終我們希望能找到人體細(xì)菌群落的改變與疾病狀況的關(guān)聯(lián)。

問：每個(gè)人的微生物群落會(huì)隨時(shí)間改變？

答：目前我們測(cè)定的是單個(gè)時(shí)間點(diǎn)的相對(duì)健康志愿者的微生物組。我們將來(lái)的計(jì)劃會(huì)包括具有更多年齡層次和健康狀背景的志愿者。較終我們希望找出人體細(xì)菌群落的改變與結(jié)腸癌、腸易激綜合征和克羅恩病等疾病之間的聯(lián)系。

問: MO BIO的產(chǎn)品如何協(xié)助你的工作？

答：MO BIO的PowerSoil 試劑盒提取的DNA跑PCR成功率非常高。95%的DNA樣品都能在我們的PCR體系中成功擴(kuò)增。而其它商業(yè)試劑盒只能做到50%的成功率。我們所有的樣品都用這款盒子進(jìn)行提取。另外，環(huán)境中微生物DNA到處都是，用DNA-Free PCR水是避免非特異性反應(yīng)的另一個(gè)關(guān)鍵。

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相關(guān)文獻(xiàn)：Related papers include:

·      Dominguez-Bello, M.G., E.K. Costello, M. Contreras, M. Magris, G. Hidalgo, N. Fierer, R. Knight. In Press. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the founder microbiota across multiple body habitats in newborns. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Jun 2010; 10.1073/pnas.1002601107.

·      Fierer, N., C.L. Lauber, N. Zhou, D. McDonald, E.K. Costello, R. Knight. 2010. Forensic identification using skin bacterial communities. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107: 6477-6481.

·      Costello, E.K., C.L. Lauber, M. Hamady, N. Fierer, J.I. Gordon, R. Knight. 2009. Bacterial variation in human body habitats across space and time. Science. 326: 1694-1697

·      Fierer, N. M. Hamady, C.L. Lauber, R. Knight. 2008. The influence of sex, handedness, and washing on the diversity of hand surface bacteria. Proc. Natl. Acad. Sci, USA. 105: 17994-17999.

 


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