Beacon Designer 為qPCR檢驗設(shè)計**和高效的oligos

時間：2020-12-07作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：84

自動化實時PCR引物和探針設(shè)計

Beacon Designer可以自動設(shè)計實時引物和探針。它被世界各地的分子生物學(xué)家用來設(shè)計成功的實時PCR分析。它節(jié)省了很多失敗的實驗所浪費的時間和金錢。Beacon Designer是實時引物和探頭設(shè)計的靈活的解決方案。

具體而有效的設(shè)計：Beacon Designer如何使其成為可能

您可以在程序中使用BLAST搜索序列并搜索模板結(jié)構(gòu)。在設(shè)計引物和探針時使用這兩種搜索的結(jié)果。在設(shè)計過程中，會自動避免出現(xiàn)明顯的交叉同源性和模板結(jié)構(gòu)的區(qū)域。

可用的設(shè)計選項

SYBR Green試驗設(shè)計

SYBR Green可能是實時PCR化學(xué)中較常用的。Beacon Designer設(shè)計SYBR Green PCR引物，幫助您評估預(yù)先設(shè)計的SYBR Green PCR引物集。您可以完全控制設(shè)計參數(shù)，或者您可以使用默認值，在經(jīng)過大量的研究和與*的交流之后選擇。您甚至可以為您的特定研究需求選擇您自己的默認設(shè)計參數(shù)。

除了在感興趣的基因上定位引物外，信標(biāo)設(shè)計者還可以設(shè)計外顯子或外顯子內(nèi)含子連接的引物。這些引物設(shè)計的外顯子內(nèi)含子連接有助于選擇性幫助從gDNA選擇性擴增cDNA。

HRMA試驗設(shè)計

Beacon Designer為突變檢測提供了一個綜合解決方案。高分辨率熔解分析（HRMA）是一種比基于**腺的基因型分析較具有成本效益的方法。該程序使用專有算法，可以設(shè)計出檢測突變的較佳引物。

高分辨率的熔解分析引物被設(shè)計成側(cè)翼感興趣突變，產(chǎn)生具有可檢測的熔融溫度變化的較短可能的擴增子。引物設(shè)計避免了模板二級結(jié)構(gòu)，保證有效引物延伸。設(shè)計的HRMA引物可以在NCBI的核苷酸數(shù)據(jù)庫中進行搜索，以檢驗其特異性。還可以對預(yù)先設(shè)計或發(fā)布的引物進行分析。

雙標(biāo)記探針的設(shè)計

Beacon Designer目前支持四種基于探針的化學(xué)物質(zhì)：




TaqMan探針

使用Beacon Designer優(yōu)化TaqMan探針，幫助您研究差異基因表達或使用TaqMan SNP基因型檢驗研究SNP（單核苷酸多態(tài)性）。您也可以選擇設(shè)計越來越流行的鎖定核酸（LNA）取代TaqMan探針，這些探針比標(biāo)準TaqMan探針較穩(wěn)定。為了研究DNA甲基化，Beacon Designer幫助設(shè)計引物和TaqMan探針進行甲基化分析。甲基光是一種高通量分析，用于區(qū)分甲基化和非甲基化DNA。使用Beacon Designer，通過設(shè)計甲基化和未甲基化鏈的寡核苷酸，以及未經(jīng)處理的DNA序列，可以設(shè)計合適的控制引物和探針。有了這些化學(xué)物質(zhì)，您可以評估預(yù)先設(shè)計的引物或TaqMan探針。設(shè)計結(jié)果按順序排列，給您一個可供選擇的替代品列表。根據(jù)oligo的屬性分配等級。




Molecular Beacons

為NASBA檢驗設(shè)計或評估標(biāo)準的分子信標(biāo)或分子信標(biāo)。NASBA是一種引物依賴技術(shù)，可用于在同一溫度下單個混合物中連續(xù)擴增核酸?，F(xiàn)在您可以為單分子模板或多重反應(yīng)的分子信標(biāo)設(shè)計NASBA檢驗。




Scorpions

Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設(shè)計。Scorpions的分析是很重要的，它們與探針的酶切割無關(guān)。引物和探針元件在反應(yīng)過程中物理耦合。




FRET探針

Beacon Designer支持設(shè)計和評估預(yù)先設(shè)計的FRET探針。與預(yù)先設(shè)計的SYBR Green引物兼容的FRET探針可以在Beacon Designer中設(shè)計。




多路實時PCR檢驗

有了Beacon Designer，您可以設(shè)計基于TaqMan的多路復(fù)用實時PCR檢驗，包括參考基因選擇。




功能特征

SYBR Green引物設(shè)計

TaqMan探針設(shè)計

多路實時PCR檢驗設(shè)計

HRMA引物設(shè)計

MethyLight TaqMan設(shè)計

分子信標(biāo)的設(shè)計

NASBA檢驗設(shè)計

FRET探針設(shè)計

Scorpions設(shè)計

避免交叉同源性-針對特定的Oligo設(shè)計

避免模板結(jié)構(gòu)——提高引物效率

Oligo評級




系統(tǒng)需求







更多詳情請登陸 科學(xué)軟件網(wǎng) 。


北京天演融智軟件有限公司專注于matlab,stata,spsspro,pscad,gams,nvivo,cyme,gms,mathematica等

• 詞條

  詞條說明

• iThink **建模與交互模擬軟件

  創(chuàng)建基于模型的應(yīng)用程序iThink是創(chuàng)建專業(yè)模擬和演示的*建模工具。無縫設(shè)計、構(gòu)建和發(fā)布模型，以便與任何人、任何地方、任何時間進行共享。iThink功能亮點DEVELOPiThink允許基于仿真模型創(chuàng)建漂亮的、動態(tài)的、令人信服的應(yīng)用程序。這些應(yīng)用程序可以是戰(zhàn)略培訓(xùn)基礎(chǔ)或重要的教育工具。INTERACT無論是在演示模式還是發(fā)布到Web上，用戶都能與您的模擬交互，以測試不同的場景。使用Stella

• 好課免費享 | Mathematica軟件應(yīng)用視頻課程

  為了緩解大家在抗“疫”戰(zhàn)爭中的焦慮情緒，充實大家的精神生活，科學(xué)軟件網(wǎng)除了現(xiàn)有的全線軟件視頻課程8.5折優(yōu)惠活動外，將繼續(xù)開展“好課免費享”活動。Mathematica是一款功能強大的軟件，作為Wolfram授權(quán)的銷售合作伙伴，科學(xué)軟件網(wǎng)希望大家能較好的將Mathematica軟件運用到學(xué)習(xí)和工作中，所以本期我們推出了《Mathematica軟件操作與應(yīng)用培訓(xùn)（高清版）》免費申請活動，活動期間可以

• PASS軟件發(fā)布V16版本

  2018年9月，PASS 16正式發(fā)布，PASS 16增加了55個新的樣本容量程序，包括以下程序：邏輯回歸 廣義估計方程（GEE）測試 重復(fù)測量連續(xù)、二進制和計數(shù)數(shù)據(jù)（GEE）的斜率測試 重復(fù)測量連續(xù)、二進制和計數(shù)數(shù)據(jù)（GEE）的時間平均差異測試 混合模型測試2級和3級層次結(jié)構(gòu)設(shè)計的方法、比例和斜率 2×2對比例、泊松率和序數(shù)數(shù)據(jù)的交叉設(shè)計測試 威廉姆斯交叉設(shè)計測試的方法和比例 多個相關(guān)比例PA

• 融智云考的基本介紹

  融智云創(chuàng)面向企事業(yè)、、金融、電力、教育等單位推出的基于局域網(wǎng)、互聯(lián)網(wǎng)的考試學(xué)習(xí)系統(tǒng)軟件，支持電腦端、手機移動端的應(yīng)用。主要功能模塊包括在線考試平臺、在線學(xué)習(xí)平臺、在線練習(xí)平臺、模擬考試平臺、每日一題、職業(yè)測評管理、在線交流平臺、績效考核管理、題庫信息管理、試卷組卷管理、閱卷批卷管理、在線監(jiān)考管理、系統(tǒng)綜合管理、手機（可選模塊）、指紋驗證等模塊。在功能上充分考慮到各行業(yè)中不同的考試需求特點，特別針對