Chemcraft **化學(xué)計(jì)算的圖形軟件

時(shí)間：2020-12-09作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：192

Chemcraft包含一組便于**化計(jì)算的圖形工具。它提供了方便的實(shí)用程序，有助于準(zhǔn)備新的工作來(lái)計(jì)算和分析計(jì)算結(jié)果。其主要功能是對(duì)**化學(xué)包生成的輸出文件的可視化。主要支持的軟件包是Gamess（美國(guó)版本和PCGamess）和Gaussian94-09。




Chemcraft對(duì)于Gamess用戶(hù)

Chemcraft給Gamess-US輸出文件提供了非常詳細(xì)的可視化。文件中的下列數(shù)據(jù)可以以圖形方式呈現(xiàn)：

? 原子坐標(biāo)（對(duì)應(yīng)于所有或?qū)ΨQ(chēng)一的原子，如果在文件中呈現(xiàn)對(duì)應(yīng)的表）；

? 如果文件中給出了鍵階分析，文件中的結(jié)合物顯示在圖像上（否則通過(guò)距離算法計(jì)算結(jié)合物）；

? 能量梯度可以以指針的形式顯示；

? 不同的原子屬性可以以標(biāo)簽的形式顯示：Mulliken種群和電荷、自旋密度、價(jià)態(tài)；

? 鍵序（以標(biāo)簽的形式顯示在結(jié)合物上）；

? 分子軌道可視為等值面或彩色平面；

? 振動(dòng)模式可以動(dòng)畫(huà)或以指針的形式（位移矢量）顯示；

? 偶較矩可視為指針；

? MO能量可以以數(shù)字形式顯示。

Chemcraft提供了輸出文件以結(jié)構(gòu)化的形式呈現(xiàn)。被讀取的文件被分成單獨(dú)的元素，例如單獨(dú)的幾何形狀或振動(dòng)模式。對(duì)于每個(gè)元素，從文件中提取所有可用數(shù)據(jù)：原子坐標(biāo)、能量梯度等。所有元素都呈現(xiàn)在分層列表中。單擊列表中的元素自動(dòng)顯示圖像上的單獨(dú)幾何或模式，并允許顯示不同的屬性。該接口提供了計(jì)算數(shù)據(jù)的可靠可視化，包括非標(biāo)準(zhǔn)類(lèi)型的計(jì)算、不完整的計(jì)算等。它還允許具有多個(gè)計(jì)算任務(wù)的復(fù)雜文件被可視化。對(duì)于能量掃描或IRC計(jì)算，通過(guò)掃描/IRC步驟將所有幾何結(jié)構(gòu)分成組。除了圖形的數(shù)據(jù)表示之外，Chemcraft概述了輸出文件的較基本部分，并為文件的每個(gè)元素顯示了一個(gè)簡(jiǎn)短的“摘要”。




Chemcraft從Gamess-US輸出文件中提取分子軌道系數(shù)和基組信息，以等密度面的形式呈現(xiàn)分子軌道或由密度值著色的表面（平面、球體）。Chemcraft提供用軌道執(zhí)行操作的一些可能性（例如將一個(gè)軌道乘以另一個(gè)軌道）。創(chuàng)建軌道的公式取自GAMESS-US分發(fā)的PLTROB程序的源代碼。用密度值計(jì)算立方體能被很好地優(yōu)化。注意，如果文件中有多個(gè)分子軌道系數(shù)表，Chemcraft可以提取它們中的每一個(gè)并允許它們被渲染（例如，在MCSCF計(jì)算中，可以顯示規(guī)范或自然軌道）。除了軌道的可視化，Chemcraft還提供了一個(gè)簡(jiǎn)單實(shí)用的工具，用于自動(dòng)確定原子軌道形成每個(gè)分子軌道，這對(duì)分析軌道很有用。










Chemcraft支持一個(gè)接口，用于快速創(chuàng)建具有非標(biāo)準(zhǔn)基組的GAMES-US輸入文件的部分。從它們的描述中

提取基集，可以在PNNL的網(wǎng)頁(yè)上獲得。她們還可以由用戶(hù)*gaussians來(lái)補(bǔ)充。


Chemcraft對(duì)于Gaussian用戶(hù)

我們建議在Gaussian輸入文件中輸入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通過(guò)Chemcraft實(shí)現(xiàn)Gaussian輸入文件

的可視化。#P選項(xiàng)支持?jǐn)U展打印輸出；GFINPUT選項(xiàng)允許打印基組信息（基組中的基元的描述），而POP(FULL)

可打印所有分子軌道系數(shù)(POP(REGULAR)也可以使用)。后兩個(gè)關(guān)鍵詞允許Chemcraft可視化分子軌道。POP

（NBO）實(shí)現(xiàn)了自然鍵軌道分析的打印輸出，其中計(jì)算了分子中的鍵。所有這些關(guān)鍵詞都是可取的，但不是必需

的。至于GAMES文件，可以從文件中看到不同的數(shù)據(jù)：原子核上的能量（能量梯度）、原子電荷、自旋密度和

其他原子屬性、NBO鍵屬性（使用量、能量）、正常模式、分子軌道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函數(shù)

都可以被可視化），MO能量。從文件中讀取標(biāo)準(zhǔn)或輸入/ Z矩陣方向上的坐標(biāo)并顯示在圖像上（這是為了正確地

可視原子核上的能量所必需的，因?yàn)樗鼈兺ǔＲ圆煌谄渌麑傩缘呐帕蟹较虼蛴。?。?duì)于能量表面掃描和IRC作

業(yè)，所有幾何形狀按掃描步驟分組。對(duì)于每一個(gè)幾何或振動(dòng)模式，較基本的數(shù)據(jù)概述并以“摘要”的形式顯示

（SCF能量，收斂標(biāo)準(zhǔn)等）。Chemcraft讀取多步驟Gaussian作業(yè)，然后呈現(xiàn)為幾個(gè)擴(kuò)展節(jié)點(diǎn)的列表，每個(gè)節(jié)點(diǎn)

表示文件中的單個(gè)作業(yè)。除了Gaussian輸出文件外，Chemcraft還可以讀取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 

從文件中提取分子結(jié)構(gòu)和軌道。對(duì)于分子軌道和其他性質(zhì)的可視化，Gaussian立方體文件也可以讀取。


Chemcraft從NMR計(jì)算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中讀取各向同性屏蔽值。提供了一種簡(jiǎn)單的工具，用

于將它們重新描述成化學(xué)位移和在*原子組內(nèi)的平均值。


Chemcraft對(duì)于ADF用戶(hù)

Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII

TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面

：提供了能量的提取、偶較矩的可視化和一些原子性質(zhì)，但沒(méi)有分子軌道可視化等。


與其他格式一起工作

除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以讀取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、

Turbomole、MMOPRO和QChem輸出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（這些格式未被全面支持）

和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、

VASP和Shellx文件、晶體學(xué)CIF文件和簡(jiǎn)單的文本文件與原子的Cartesian坐標(biāo)。Chemcraft提供了一個(gè)通過(guò)剪貼板

導(dǎo)入/導(dǎo)出文本格式的原子坐標(biāo)的接口，這有助于使用任何類(lèi)型的計(jì)算數(shù)據(jù)。將原子坐標(biāo)導(dǎo)出到剪貼板中對(duì)于快

速創(chuàng)建輸入文件也是有用的。Chemcraft包含一個(gè)分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換的功能，用于晶體學(xué)測(cè)量和Cartesian，反之亦然，

用于單元參數(shù)（a,b,c等）。

構(gòu)建分子

Chencraft支持一組用于構(gòu)造分子結(jié)構(gòu)的工具，這些工具可用于準(zhǔn)備計(jì)算或其他目的的初始猜測(cè)：

從標(biāo)準(zhǔn)分子片段（自由基等）中構(gòu)建分子，提供了通過(guò)自定義剪貼板來(lái)補(bǔ)充該片段集并通過(guò)剪貼板復(fù)制/

粘貼單個(gè)片段的可能性；

修改分子中的任何幾何參數(shù)（距離、角度、二面角）。該修飾可以伴隨著一個(gè)原子、兩個(gè)原子或選定的原子群

的位移；

用鼠標(biāo)在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉(zhuǎn)碎片的可能性；

應(yīng)用任意幾何參數(shù)集合的迭代算法；

 一種易于使用的實(shí)用程序，用于將點(diǎn)群應(yīng)用于分子。


當(dāng)“拖動(dòng)”原子或執(zhí)行其他結(jié)構(gòu)修改時(shí)，任何幾何參數(shù)都可以控制在圖像上（見(jiàn)圖5）。Chemcraft的界面允許

人們輕松地改變?nèi)魏卧拥念?lèi)型或插入/移除一個(gè)鍵。Chemcraft提供了快速獲取Z矩陣的實(shí)用工具。Z矩陣是通過(guò)

點(diǎn)擊分子中的原子并*一些附加信息來(lái)建立的（圖7）。在使用這個(gè)工具之前，首先應(yīng)該在Cartesian坐標(biāo)中獲

得分子的結(jié)構(gòu)。所有用于構(gòu)建分子的上述工具都可用于此目的。







Chemcraft可以調(diào)節(jié)分子中的原子坐標(biāo)以應(yīng)用特定的對(duì)稱(chēng)性。這個(gè)工具在研究中非常有用，因?yàn)閷?duì)稱(chēng)分子

比非對(duì)稱(chēng)分子計(jì)算得較快。




分子結(jié)構(gòu)合并

Chemcraft支持一組用于構(gòu)造分子結(jié)構(gòu)的工具，這些工具可用于準(zhǔn)備計(jì)算或其他目的的初始猜測(cè)。




在使用該實(shí)用程序之前，應(yīng)該選擇幾個(gè)原子以較大程度地彼此靠近。除了這個(gè)特性，Chemcraft還可以計(jì)算兩個(gè)

分子之間的均方根差值。

分子繪制的可能性

Chemcraft生成高質(zhì)量的32位分子圖像。它被設(shè)計(jì)成一個(gè)用于創(chuàng)建發(fā)布就緒圖像的程序，不需要任何額外的修

改。圖片可以很容易地在原子/鍵和附加對(duì)象，如標(biāo)簽和線(xiàn)條。Chemcraft包含一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)顯示方案的集合。每個(gè)

方案代表一組定義分子外觀的參數(shù)：照明參數(shù)、單個(gè)原子和鍵的顏色和大小等。。Chemcraft允許用戶(hù)更改單

個(gè)方案的參數(shù)，或者將自己的方案添加到集合中。Chemcraft的圖形引擎不需要任何圖形加速或額外的圖形庫(kù)。

被很好的優(yōu)化并提供，并提供高渲染速度，即使在過(guò)時(shí)的電腦。







創(chuàng)建動(dòng)畫(huà)效果
Chemcraft的Windows版本可以保存多個(gè)位圖文件或動(dòng)畫(huà)GIF文件形式的分子動(dòng)畫(huà)圖片。下面的動(dòng)畫(huà)類(lèi)型提供：分子旋轉(zhuǎn)的動(dòng)畫(huà)、振動(dòng)頻率和PES掃描的動(dòng)畫(huà)。


系統(tǒng)需求
Chemcraft適用于Windows和Linux系統(tǒng)。


更多詳情請(qǐng)登陸 科學(xué)軟件網(wǎng) 。






















北京天演融智軟件有限公司專(zhuān)注于matlab,stata,spsspro,pscad,gams,nvivo,cyme,gms,mathematica等

• 詞條

  詞條說(shuō)明

• Stata軟件系列在線(xiàn)直播培訓(xùn)

  Stata是一個(gè)完整的、集成的軟件包，它提供了所有數(shù)據(jù)科學(xué)所需的數(shù)據(jù)操作、可視化、統(tǒng)計(jì)和自動(dòng)化報(bào)告功能。為了讓大家較好的掌握Stata軟件，StataCorp LLC為大家安排了一系列在線(xiàn)培訓(xùn)。本培訓(xùn)完全免費(fèi)，掃描下方二維碼直接報(bào)名參加！Ready. Set. Go Stata培訓(xùn)時(shí)間：5 August 2020??? 11:00 AM CT??&

• GAMS MIRO介紹

  什么是GAMS MIROGAMS MIRO（具有快速編排的模型接口）是一種解決方案，可以輕松地將GAMS模型轉(zhuǎn)換為交互式終端用戶(hù)應(yīng)用程序，可以分發(fā)給您的同事，甚至可以在web服務(wù)器上托管。?用戶(hù)界面友好，允許您與底層GAMS模型交互，快速創(chuàng)建不同的場(chǎng)景，比較結(jié)果等等。MIRO廣泛的數(shù)據(jù)可視化功能使您能夠輕松創(chuàng)建強(qiáng)大的圖表、時(shí)間序列、地圖、小工具等。?您可以在幾分鐘內(nèi)創(chuàng)建**個(gè)應(yīng)

• 2022年Stata經(jīng)濟(jì)學(xué)虛擬研討會(huì)

  StataCorp?LLC將于11月3日舉辦2022年Stata經(jīng)濟(jì)虛擬研討會(huì)--Stata進(jìn)行經(jīng)濟(jì)理論和應(yīng)用研究的盛會(huì)。本次會(huì)議邀請(qǐng)了**Stata經(jīng)濟(jì)學(xué)用戶(hù)進(jìn)行演講，虛擬會(huì)議讓您無(wú)論身在何處都可以體驗(yàn)這一為期一天的活動(dòng)。座位有限，報(bào)滿(mǎn)截止！登錄：科學(xué)軟件網(wǎng)—培訓(xùn)—收費(fèi)培訓(xùn)?了解詳情。?演講者會(huì)議議程時(shí)間：11月3日（注意：以上時(shí)間為CDT時(shí)間）方式：在線(xiàn)費(fèi)用：$4

• 邀請(qǐng)函 | 大電網(wǎng)模式下的電磁暫態(tài)仿真技術(shù)交流會(huì)暨PSCAD軟件用戶(hù)大會(huì)

  詳情登陸? 科學(xué)軟件網(wǎng)—市場(chǎng)活動(dòng) 了解詳情