單核苷酸多態(tài)(SNP)性檢測服務(wù)

時(shí)間：2012-05-16作者：上海藥巢生物工程有限公司瀏覽：24

 

單核苷酸多態(tài)(SNP)性檢測服務(wù)

SNP(single nucleotide polymophism) ，即單核苷酸多態(tài)，是由于單個(gè)核苷酸改變而導(dǎo)致的核酸序列多態(tài)。一般來說，一個(gè) SNP 位點(diǎn)只有兩種等位基因，因此又叫雙等位基因。 SNP 在人基因組中的發(fā)生頻率比較高，大約平均每 1000 個(gè)堿基中就有一個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，是繼微衛(wèi)星之后的*三代遺傳標(biāo)記。有些 SNP 位點(diǎn)還會(huì)影響基因的功能，從而導(dǎo)致生物性狀改變甚至致病。  SNP 研究包括 SNP 發(fā)現(xiàn)（ discovery ）、 SNP 驗(yàn)證（ validation ）以及 SNP 篩選（ Screening or Scoring ）。 廣泛用于群體遺傳學(xué)研究（如生物的起源、進(jìn)化及遷移等方面， 將逐漸取代微衛(wèi)星而成為新一代的分子生物學(xué)標(biāo)記 ） ，和疾病相關(guān)基因的研究，在藥物基因組學(xué)、診斷學(xué)和生物醫(yī)學(xué)研究中起重要作用。  　　 為適應(yīng)日益增長的 SNP 研究需求，和各類客戶的不同需要，我們利用多套技術(shù)方案為不同客戶提供量身定做的個(gè)性化服務(wù)。  1、  測序法：  較經(jīng)典的方法，無須再用其它手段驗(yàn)證。具體步驟：引物設(shè)計(jì)與合成 ----PCR--- 純化 ---- 測序。  2、巢式 PCR-RFLP 法：    不同于傳統(tǒng)的 RFLP 技術(shù)，不僅是有酶切位點(diǎn)的 SNP ，可對(duì)任意一個(gè) SNP 位點(diǎn)進(jìn)行酶切位點(diǎn)改造，使該位點(diǎn)變成常見酶切位點(diǎn)而進(jìn)行鑒定，同時(shí)，利用巢式 PCR 技術(shù)，能同時(shí)對(duì)多個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行分型分析。    ＊1至2ngDNA 樣品也能完成檢測，費(fèi)用相對(duì)較低。    ＊從小試到中試到大批量試驗(yàn)，按預(yù)先設(shè)計(jì)的實(shí)驗(yàn)方案有序進(jìn)行。從樣品開始，每步都有嚴(yán)格的質(zhì)控。    ＊保證每個(gè)位點(diǎn)基因型檢測的成功率在 90% 以上。    ＊客戶可以放入已知結(jié)果的樣品進(jìn)行盲檢。  3、Realtime-PCR 法： 　  應(yīng)用 ABI  7900HT 系統(tǒng)（含軟件），適合位點(diǎn)數(shù)量少，樣本通量高的檢測（探針合成費(fèi)用高）。 　 ＊高通量：終點(diǎn)法進(jìn)行 snp 分型時(shí)， 7900HT 每分鐘讀一塊 384 孔 PCR 反應(yīng)板。 　 ＊操作簡便：只需一步 PCR 反應(yīng)，無須進(jìn)行純化和預(yù)處理，直接上機(jī)檢測。 　 ＊結(jié)果清晰：軟件分析結(jié)果界面友好，標(biāo)出了每個(gè)樣本的基因型及熒光強(qiáng)度，非常直觀。 4、SNP stream UHT genotyping 技術(shù) 　  采用 BEAKMAN 少見**技術(shù)（單堿基引物延伸技術(shù)），準(zhǔn)確率高達(dá) 99% ，和測序一樣是檢測 SNP 的金標(biāo)準(zhǔn)。需要樣品量低，速度快。 　  大致流程：序列比對(duì) ---- 引物設(shè)計(jì)（ 12 重或 48 重） ---- 引物合成 ----DNA 抽提和定量 ---PCR--- 純化 ----- 單堿基延伸反應(yīng) ---- 雜交 ----- 掃描 ---- 分析。 5、芯片檢測法（ affymetrix genechip ）：  　 種類： 　　 ( 1 ) Affymetrix Human Mapping 100K Array Set ：含蓋人類全基因組 100 ， 000 余個(gè) SNP 位點(diǎn)。 　　 ( 2 ) Affymetrix Human Mapping 500K Array Set ：含蓋人類全基因組 500 ， 000 余個(gè) SNP 位點(diǎn)。 　 特點(diǎn)：   ＊ 在各人群中的檢出率大于 95% ，其中亞洲人群中的檢出率大于 97% 。   ＊ *特的設(shè)計(jì)方案，保證了對(duì) SNP 位點(diǎn)檢測的準(zhǔn)確性、特異性。   ＊ 其檢測結(jié)果通過多種經(jīng)典檢測技術(shù)驗(yàn)證：測序法，單堿基延伸法……符合率高達(dá) 99.6%  　流程： 　 DNA 抽提 -----DNA 消化 ---- 加接頭 ---- 擴(kuò)增 ---- 產(chǎn)物片段化 ---- 生物素標(biāo)記 ---- 芯片雜交 --- 洗滌 ---- 染色 ---- 掃描 ---- 數(shù)據(jù)分析。


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