生物信息學(xué)軟件PRIMER方法介紹

時間：2023-09-19作者：北京環(huán)中睿馳科技有限公司瀏覽：35

PRIMER 7（Plymouth Routines In Multivariate Ecological Research）主要由一系列單變量、圖形和多變量例程組成，用于分析群落生態(tài)學(xué)中的物種樣本數(shù)據(jù)陣列。數(shù)據(jù)通常包括豐度、生物量、覆蓋面積（或線）百分比、存在/不存在等，出現(xiàn)在對環(huán)境影響的生物監(jiān)測和基礎(chǔ)的研究中，例如食物組成。物理值矩陣和化學(xué)濃度矩陣也適用，可單獨分析或與生物組合數(shù)據(jù)同時分析，通過物理化學(xué)條件 "解釋 "群落結(jié)構(gòu)。本軟件包的方法很少（如果有的話）對數(shù)據(jù)的形式做出假設(shè)（非度量排序和置換檢驗是該方法的基礎(chǔ)），而是集中在可以直接解釋的方法上。


這種穩(wěn)健性使其具有廣泛的適用性，從而提高了解釋的可信度，其透明度也可能解釋了為什么這些軟件已在**范圍內(nèi)被采用，尤其是在海洋科學(xué)領(lǐng)域，但也在陸地和淡水生態(tài)學(xué)、林業(yè)、土壤科學(xué)等領(lǐng)域被采用。


雖然生物組合數(shù)據(jù)的分析要求是主要重點，但該軟件包同樣適用于（而且越來越多地應(yīng)用于）其他多變量數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)或可被視為多變量數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)。



其中包括：生態(tài)毒理學(xué)中的多種生物標志物及其與水或組織中化學(xué)污染物濃度的關(guān)系；地質(zhì)學(xué)或材料科學(xué)中的基質(zhì)成分；分類學(xué)中的形態(tài)測量；遺傳學(xué)研究，特別是大量 OTU 的微生物分析；遙感中的多種波長信號；甚至環(huán)境經(jīng)濟學(xué)、復(fù)雜數(shù)學(xué)箱模型中的狀態(tài)變量、 急癥醫(yī)學(xué)、流行病學(xué)等。







有時可以用多元方法有效地處理的單變量測量包括水或沉積物樣本的粒度分析，以及隊列研究中生物體的大小頻率分布（多元變量是離散的顆粒或生物體大小類別）。此外，還可以處理生物個體隨時間變化的生長曲線集（重復(fù)測量，因此具有相關(guān)性）。其統(tǒng)一的特點是，所有數(shù)據(jù)集都簡化為一個適當?shù)娜切尉仃?，代表每對樣本在組合、生物標記物套件、粒度分布、生長曲線形狀等方面的相似性。然后，聚類和排序技術(shù)就能顯示樣本之間的關(guān)系，而置換檢驗則提供了必要的假設(shè)檢驗結(jié)構(gòu)。


軟件包的例程包括 數(shù)據(jù)預(yù)處理（轉(zhuǎn)換、分散和其他變量加權(quán)，通過陰影圖進行評估）；約 50 種相似度測量方法（現(xiàn)在允許缺失數(shù)據(jù)）；通過標準聚類和新型分割及 "扁平 "技術(shù)對樣本（或物種）進行分層聚類； 通過非度量（nMDS）和度量多維尺度（mMDS、tmMDS）以及主成分（PCA）進行排序，總結(jié)生物和非生物樣本的模式；基于置換的假設(shè)檢驗（ANOSIM，也有新的有序形式），檢驗來自不同時間/地點/處理等的多元樣本的先驗分組結(jié)構(gòu)；


現(xiàn)在重點強調(diào)物種模式（新穎的一致性曲線和陰影圖）；將多變量生物模式與環(huán)境數(shù) 據(jù)套件或其他生物陣列聯(lián)系起來（BEST、LINKTREE）；對模型結(jié)構(gòu)的相似性進行 比較（曼特爾式）檢驗（RELATE，包括新穎的雙向形式）；  針對 "重復(fù)測量 "的*二階段分析（2STAGE）和分析選擇（分類水平、轉(zhuǎn)換、相似系數(shù)）的比較；多樣性指數(shù)、優(yōu)勢圖、SAD 曲線、物種累積估計器、分類匯總等套件；和基于物種分類學(xué)差異的生物多樣性指數(shù)測試（TAXDTEST）；通過多元引導(dǎo)法對平均群落進行新的區(qū)域估算；以及 PRIMER 7 中新增的多種其他數(shù)據(jù)處理和圖表類型（柱狀圖、線圖、均值圖、方框圖、散點圖、曲面圖、直方圖和陰影圖）。

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  詞條說明

• SnapGene軟件做分子克隆步驟有哪些？

  SnapGene是一款專業(yè)的分子生物學(xué)軟件，用于DNA序列分析和克隆設(shè)計。它提供了許多功能，方便用戶進行分子克隆實驗的設(shè)計和模擬。下面是在SnapGene中進行分子克隆的步驟：導(dǎo)入序列：首先，需要導(dǎo)入目的DNA序列和參考DNA序列（如質(zhì)?；蛩拗骰蚪M）到SnapGene中。選擇限制酶：根據(jù)克隆方案，選擇合適的限制酶，用于線性化目的DNA和質(zhì)粒DNA。SnapGene中已經(jīng)預(yù)設(shè)了常用的限制酶，并提供

• 技術(shù)支持

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• GenStat軟件功能詳細介紹

  Genstat軟件是一款用于試驗設(shè)計、數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理的綜合統(tǒng)計軟件，強大而靈活，屬于交互式系統(tǒng)，具有**的圖形化工具和友好的圖形化用戶界面，兼有完善的統(tǒng)計學(xué)程序編制功能。Genstat的升級新都緊緊圍繞農(nóng)業(yè)科學(xué)家的科研需求，包括方差分析、試驗設(shè)計、大量的多變量分析技術(shù)及線性混合模型分析，廣泛應(yīng)用于植物科學(xué)、作物育種、林木科學(xué)、資源與環(huán)境科學(xué)、動物科學(xué)、醫(yī)學(xué)、食品科學(xué)等多個科研領(lǐng)域。一、性能—

• 非線性結(jié)構(gòu)分析軟件ATENA 2023測試版正式發(fā)布

  非線性結(jié)構(gòu)分析軟件ATENA 2023測試版現(xiàn)已正式發(fā)布，而且ATENA 2023測試版也有30天的試用版，具有完整的功能。ATENA 2023測試版將安裝在一個單獨的目錄中，這樣它就不會影響您之前的ATENA安裝。ATENA Center 2023的單獨版本也將安裝，可用于訪問ATENA系統(tǒng)的各種組件。然而，若您選擇安裝相同的GiD版本，它會升級您的ATENAGiD腳本，這可能會導(dǎo)致一些不兼容。