探索Sequencher軟件的Connections功能

時間：2023-08-29作者：北京環(huán)中睿馳科技有限公司瀏覽：33

Sequencher Connections代表了一種對序列或序列組執(zhí)行多重分析的新方法。Connections擴展了Sequencher的功能，允許您設(shè)置可以運行使用不同參數(shù)或數(shù)據(jù)庫的不同分析的“通道”。通過同時對不同通道上的多個序列或序列組運行分析，Sequencher Connections可以提高獲得結(jié)果的速度。




Sequencher Connections現(xiàn)在加靈活且可定制?，F(xiàn)有的Connections會話可以重新打開并添加新的序列。您的Connections會話可以重定名以反映您的項目?，F(xiàn)在有多選項可用于將通道添加到Connections會話，并且還可以定名每個通道。




您可以在連接會話中對單個序列進行BLAST搜索?？梢栽O(shè)置通道以搜索具有不同參數(shù)的NCBI數(shù)據(jù)庫或每個通道使用的數(shù)據(jù)庫?？梢栽O(shè)置本地BLAST通道來搜索計算機上的數(shù)據(jù)庫。您還可以設(shè)置Primer-BLAST通道來設(shè)計感興趣區(qū)域的引物，并將這些引物序列發(fā)送到您的 Sequencher產(chǎn)品。引物序列將具有彩色堿基和應(yīng)用于它們的引物特征。該示意圖在單個窗口中顯示多個通道的結(jié)果，以便您比較不同運行的結(jié)果。










您的Connections會話會自動與您的項目一起保存。使用新的會話啟動器，可以輕松創(chuàng)建新會話、向現(xiàn)有會話添加多數(shù)據(jù)，或者簡單地查看并重新運行舊會話以查看是否有任意新的感興趣序列已添加到您之前查詢的數(shù)據(jù)庫中。使用示意圖同時提供BLAST、Local-BLAST和 Primer-BLAST分析的圖形概述。同時打開多個會話的能力意味著您可以輕松查看所有結(jié)果。當(dāng)NCBI網(wǎng)站上的結(jié)果過期時，您可以確信它們?nèi)匀话卜€(wěn)地存在于Connections中。










您可以在連接會話中為一組序列運行MUSCLE比對。結(jié)果可以視為比對序列或使用譜系圖可視化。不同的通道可以設(shè)置使用不同的參數(shù)。可以將序列添加到現(xiàn)有會話中，以便不同的行查看不同的序列組。然后可以比較不同通道和行上的運行。










BLAST和Local-BLAST

BLAST可能是您一直使用的工具，但有很多參數(shù)和選項，您可能不會記住每個參數(shù)和選項的影響。Sequencher Connections可幫助您在短的時間內(nèi)完成多工作并比較您的結(jié)果。




您想比較不同設(shè)置的結(jié)果嗎？您想將搜索分成針對不同數(shù)據(jù)庫的單獨查詢嗎？也許近來發(fā)布了某些內(nèi)容并且現(xiàn)在已在數(shù)據(jù)庫中，或者您可能對自己的數(shù)據(jù)了解了一些新內(nèi)容。Connections允許您同時運行許多不同的數(shù)據(jù)庫搜索，并在完成后盡快返回結(jié)果。然后您可以保留所有結(jié)果并可以使用原理圖對它們進行比較。示意圖是一個并行圖形顯示，以BLAST無法做到的方式顯示單個序列的所有分析結(jié)果。




如果您可以通過一個序列完成所有這些行為，那么請考慮一下在同一會話中可以使用多個序列做什么。




Primer-BLAST

使用Primer-BLAST分析序列并檢查特異性。




并行化您的分析 - 使用多組不同的設(shè)置并同時運行相同的序列甚至不同的序列，而*編寫腳本。




現(xiàn)在，一鍵將您的數(shù)據(jù)保存到您的項目中。




您的新引物會自動標(biāo)有GenBank風(fēng)格的功能鍵，使它們在比對中容易看到。引物按方向進行顏色編碼，以便您在使用時輕松識別，并且由于其定名約定，您永遠不會混淆它們。










MUSCLE and Trees




當(dāng)您想要尋找DNA序列中的保守區(qū)域時，請尋找“MUSCLE”。與許多其他多序列對準(zhǔn)器相比，它速度快且精度高。它易于使用，通過 Sequencher Connections，您不僅可以看到對齊的區(qū)域，還可以以矩形或圓形樹格式查看結(jié)果。




您可以在同一組序列上設(shè)置多個MUSCLE運行，并將每個分析（或通道）設(shè)置為使用不同的參數(shù)。您是否想將不同的數(shù)據(jù)集保存在一起，但對它們運行相同的MUSCLE參數(shù)？將它們添加到同一個Connections會話中，因為會話中的每一行都可以包含不同的序列組。MUSCLE在不同的通道和行上運行，然后可以進行比較，為您提供對數(shù)據(jù)的*特視角。


北京環(huán)中睿馳科技有限公司專注于Prism數(shù)據(jù)分析軟件,SnapGene多少錢,EVS總代理,Mimics軟件價格,HYDRUS,GMS培訓(xùn),鉑金代理,軟件銷售,購買渠道等

• 詞條

  詞條說明

• CodonCode Aligner 11.0現(xiàn)已推出

  CodonCode Aligner是一款易于使用的程序，用于序列組裝、重疊群編輯和突變檢驗。CodonCode Aligner 11.0現(xiàn)已推出。CodonCode Aligner 11.0的新增功能：CodonCode Aligner 11.0版添加了Gibson Assembly、注釋通用功能、序列開始的自動同步等等。Gibson Assembly對虛擬Gibson Assembly的支持允許

• UCINET軟件可以做什么？

  UCINET 是一種社會網(wǎng)絡(luò)分析軟件，可以用于研究和分析各種類型的社會網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)。UCINET 能夠執(zhí)行各種計算和分析任務(wù)，包括：網(wǎng)絡(luò)描述和可視化：UCINET 可以幫助用戶描述和可視化各種類型的社會網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，例如關(guān)系矩陣、鄰接矩陣、點列表和邊社會網(wǎng)絡(luò)分析：UCINET 可以執(zhí)行各種類型的社會網(wǎng)絡(luò)分析任務(wù)，例如度中心性、介數(shù)中心性、緊密中心性、聚類系數(shù)和社區(qū)檢測。社會網(wǎng)絡(luò)建模：UCINET 可以用于

• 輕松掌握KaleidaGraph繪制柱狀圖的步驟與技巧

  柱狀圖是一種常用的數(shù)據(jù)可視化方式，能夠清晰地展示數(shù)據(jù)之間的比較和趨勢。在科學(xué)研究和數(shù)據(jù)分析中，掌握如何繪制柱狀圖是相當(dāng)重要的。本文將介紹KaleidaGraph軟件中繪制優(yōu)秀柱狀圖的基本步驟和技巧，幫助您快速掌握這一技能。導(dǎo)入數(shù)據(jù)：首先，在KaleidaGraph中導(dǎo)入您的數(shù)據(jù)。您可以從Excel、CSV或其他數(shù)據(jù)源中導(dǎo)入數(shù)據(jù)，確保數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和完整性。選擇圖表類型：在KaleidaGraph中，

• UniPlot R2023新功能詳細概述

  UniPlot是一個可視化和分析數(shù)據(jù)的**軟件。只需點擊幾次鼠標(biāo)，您就可以將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為帶有顏色區(qū)域的3D表面圖、帶有顏色填充的等值線圖，或者將2D數(shù)據(jù)繪制到帶有多個軸的圖表中。文本對象、掃描的照片和其他繪圖和標(biāo)簽元素可以輕松地插入到文檔中。對于重復(fù)性任務(wù)或分析，可以交互或自動處理數(shù)據(jù)。R2023.2中的新功能(2023-08-25)提高(UNI-530):ATFX導(dǎo)入過濾器已新為在一個文件中加載