Geneious 分子生物學(xué)和NGS分析軟件

時間：2020-12-28作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：94

NGS分析和基因組學(xué)

使用行業(yè)良好的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數(shù)(任何長度、成對端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對數(shù)據(jù)的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)式分析。

序列圖和色譜分析

修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列?；蝾A(yù)測、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動標(biāo)注?；蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。

對齊和樹構(gòu)建

使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對DNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和**顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的**評審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹，并為公開準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。

分子克隆

查看質(zhì)粒圖，自動注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設(shè)計引物，找到CRISPR站點并優(yōu)化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。

搜索、共享和自動化

針對NCBI進(jìn)行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動化的工作流程，以提高效率，控制業(yè)務(wù)流程，并減少您的研究中的人為錯誤。

Geneious新功能

新的特征包括改進(jìn)的火山和PCA圖用于表達(dá)分析，新的CRISPR Cpf1選項和限制站點的無表型突變分析。

SnapGene文件導(dǎo)出

將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。

CRISPR-CPF1特異性評分

自信地選擇較佳CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點使用新的特異性評分，這是根據(jù)對您選擇的數(shù)據(jù)庫的非目標(biāo)分析計算出來的。

智能NGS導(dǎo)入

只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。

CRISPR Cpf1選項

添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點，并在體內(nèi)具有較高的裂解效率。

RNA-Seq表達(dá)分析的火山圖

在交互式火山圖中可視化基因表達(dá)，可以用來**和跳轉(zhuǎn)到差異表達(dá)基因。

限制性位點無表型突變分析

自動識別在不影響蛋白質(zhì)的情況下引入限制位點的編碼序列中的點突變。

漂亮的PCA圖

具有較好的標(biāo)簽和新的可視化選項，創(chuàng)建漂亮的PCA圖形。

創(chuàng)建酶制劑

不再從其他來源獲取信息?，F(xiàn)在您可以很容易地創(chuàng)建您自己的酶組。

較好的FASTQ導(dǎo)入功能

在導(dǎo)入過程中，成對讀取可以相互關(guān)聯(lián)，而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設(shè)置讀取技術(shù)。

為細(xì)菌基因組比對較新Mauve插件

現(xiàn)在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對齊和進(jìn)行基因組整理成為可能。

較好的BLAST服務(wù)器管理

一次設(shè)置多個BLAST服務(wù)器鏡像，每次搜索時，選擇較好的一個。不用每次切換鏡像。

NCBI BLAST云支持

有了NCBI BLAST云之后，設(shè)置您自己的BLAST鏡像變得較為簡單。如果您以這種方式創(chuàng)建一個鏡像，Geneious可以與它連接起來。

按索引連接

連接序列列表并按索引對齊，而不是按照名稱對齊，這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。

序列列表的CSV/TSV導(dǎo)出

將序列表中的所有序列連同它們的元數(shù)據(jù)一起導(dǎo)出到CSV或TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進(jìn)行進(jìn)一步分析。

系統(tǒng)需求

Windows:

Windows 7, 8, 8.1, and 10

Note: These plugins are not supported on Windows: TopHat, Velvet Optimiser

Linux:

CentOS and Redhat 6 or higher, or Ubuntu Desktop LTS (14.04 and 16.04). Note that 32-bit linux is not supported for Geneious R10 and above. To run Geneious on Linux you also need the default desktop environment and all packages up to date with latest versions from the distribution repositories.

MacOS:

Supported mac operating systems vary depending on the version of Geneious you are running, as follows:

Geneious R11: MacOS 10.8 - 10.13

Geneious R10:  MacOS 10.8 - 10.12

Geneious R9: MacOS 10.6 - 10.12. Users on OS 10.6 will need to install Java 6 from

Geneious 5.5-8: Mac OS 10.6 - 10.11, requires installation of Java 6 from




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