AlleleID 物種識別和分類鑒別的綜合軟件介紹

時(shí)間：2020-12-04作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：112

細(xì)菌鑒定的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

AlleleID是一款旨在解決細(xì)菌鑒定、病原體檢測或物種鑒定的綜合性桌面工具。以CulsSTW多序列比對為**，AlleleID可以設(shè)計(jì)用于物種識別/交叉物種鑒定的基因芯片探針以及用于實(shí)時(shí)PCR的SYBR Green, TaqMan MGB, TaqMan探針, Molecular Beacons以及實(shí)時(shí)PCR引物。AlleleID還提供了支持可變剪切片段檢測的微陣列實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。

物種鑒定分析/跨物種實(shí)驗(yàn)/等位基因鑒定分析

AlleleID使用ClustalW對序列進(jìn)行排列，并分析保存和物種特定區(qū)域。您可以使用程序進(jìn)行實(shí)時(shí)PCR引物設(shè)計(jì)（包含SYBR Green引物設(shè)計(jì)）和雙標(biāo)簽探針設(shè)計(jì)（TaqManprobes,

TaqMan MGB and molecular beacons）。這些檢測方法只用于進(jìn)行菌株檢測或從混合菌株中找到感興趣的物種。為了進(jìn)行交叉物種試驗(yàn)，AlleleID通過識別保守區(qū)域來設(shè)計(jì)通用探針。對于相關(guān)的生物體，當(dāng)研究物種的基因組草圖不可用時(shí)，可以使用AlleleID來研究其基因表達(dá)。這些強(qiáng)大的功能可以幫助解決了很多具有挑戰(zhàn)性的難題，例如的檢測、鑒定、定量以及污染物、環(huán)境等的監(jiān)測。

檢測成功的復(fù)雜算法

高度特異性寡核苷酸通過回避自動注釋BLAST搜索結(jié)果找到的顯著同源性區(qū)域而設(shè)計(jì)。實(shí)時(shí)定量PCR引物和探針阻止模板形成二級結(jié)構(gòu)提升效率。"Minimal

Set"，該程序較具創(chuàng)新性的特點(diǎn)之一，有助于設(shè)計(jì)較少數(shù)量的等位基因特異性寡核苷酸引物和雙標(biāo)記探針，其*特地識別來自混合物的所需物種/菌株/類群中的每一個(gè)，降低化驗(yàn)成本。對于類群或跨種分析，當(dāng)類群或類群高度不同時(shí)，該特征尤其有用。對于一組預(yù)先設(shè)計(jì)的、經(jīng)過驗(yàn)證的引物集合，AlleleID可以設(shè)計(jì)兼容的引物和探針的其余序列的物種鑒定或類群特異性檢測。

廣泛支持實(shí)時(shí)或定量PCR檢測和SNP/表達(dá)微陣列AlleleID可以設(shè)計(jì)較優(yōu)的SYBR

Green引物、TaqMan探針、TaqMan Minor Groove Bingding

(MGB)探針、FRET探針或者分子信標(biāo)，用于實(shí)時(shí)定量PCR差異基因表達(dá)SNP基因型分類試驗(yàn)。您也可以設(shè)計(jì)實(shí)時(shí)PCR引物和雙標(biāo)記探針多達(dá)一萬個(gè)序列在一個(gè)單一的運(yùn)行SNP檢測或表達(dá)微陣列。

設(shè)計(jì)Luminex xMAP試驗(yàn)基于Luminex’s

xMAP技術(shù)，AlleleID可以設(shè)計(jì)應(yīng)用于懸浮陣列系統(tǒng)的應(yīng)變-微分多重分析設(shè)計(jì)。如果您研究的是密切相關(guān)的生物體，這個(gè)功能可以幫助您在一個(gè)反應(yīng)體系中進(jìn)行等位基因特異性引物延伸（ASPE）和DHA檢測。

多路連接依賴探針擴(kuò)增（MLPA）檢測拷貝數(shù)和突變檢測

AlleleID是一設(shè)計(jì)MLPA合成探針或者由MRC Holland引入的多重連接依賴探針擴(kuò)增技術(shù)的程序，當(dāng)合適的工具包不可用時(shí)，研究人員能夠擴(kuò)展這項(xiàng)技術(shù)。這是一種快速增長的高通量基因圖譜分析方法?？梢詸z測外顯子缺失、拷貝數(shù)變化和CpG甲基化模式。具有成本效益合適、敏感性高、特異性好和可再生性好等特點(diǎn)。

AlleleID為PamGene檢測設(shè)計(jì)了mRNA特異性,DNA特異性和突變特異性MLPA探針。這將使PamChip用戶在使用PamGene高精度檢測平臺時(shí)設(shè)計(jì)自己感興趣的基因探針檢測。結(jié)合這兩種技術(shù)，拷貝數(shù)的變化和突變可以很容易地在6小時(shí)內(nèi)檢測到。

功能特征

物種鑒定試驗(yàn)

基因芯片的基因拼接/選擇性剪接

外顯子連接引物設(shè)計(jì)

實(shí)時(shí)PCR引物設(shè)計(jì)

TaqMan探針設(shè)計(jì)

SyBR綠色底漆設(shè)計(jì)

分子信標(biāo)設(shè)計(jì)

FRET探針設(shè)計(jì)

微陣列探針設(shè)計(jì)

精密化驗(yàn)設(shè)計(jì)

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