GraphPad Prism 10：解鎖新潛力

時(shí)間：2023-07-12作者：北京環(huán)中睿馳科技有限公司瀏覽：27

GraphPad Prism是一款統(tǒng)計(jì)分析與繪圖軟件，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)研究領(lǐng)域。它提供了直觀易用的界面和強(qiáng)大的功能，使得科研人員能夠輕松地進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、繪制高質(zhì)量的圖表和生成統(tǒng)計(jì)報(bào)告。 




GraphPad Prism支持各種統(tǒng)計(jì)分析方法，包括均值比較、方差分析、回歸分析、生存分析等。用戶可以選擇合適的統(tǒng)計(jì)測(cè)試，進(jìn)行數(shù)據(jù)的比較和推斷，并得出科學(xué)結(jié)論。同時(shí)，軟件還提供了多種圖表類型，如線圖、柱狀圖、散點(diǎn)圖、餅圖等，用戶可以根據(jù)需求自由定制和美化圖表，以展示數(shù)據(jù)的趨勢(shì)和關(guān)系。  




此外，GraphPad Prism還具備數(shù)據(jù)管理和數(shù)據(jù)導(dǎo)入功能，可以方便地導(dǎo)入外部數(shù)據(jù)，并對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行整理和篩選。軟件還提供了多種導(dǎo)出選項(xiàng)，使得用戶可以將結(jié)果以多種格式保存，包括圖片、表格和報(bào)告文件。GraphPad Prism 10已發(fā)布。




強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)分析。高等圖形定制。簡(jiǎn)化協(xié)作。

分解數(shù)據(jù)：引入開放的文件格式，實(shí)現(xiàn)新的工作流程和集成強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)分析。

結(jié)果的簡(jiǎn)化解釋：一種新的響應(yīng)式“要么一個(gè)，要么沒有”P值匯總風(fēng)格

全的分析：雙向方差分析的默認(rèn)多重比較方法

圖形檢查器：一種新的交互式多變量圖形定制方法

擴(kuò)展的數(shù)據(jù)功能：快的性能和對(duì)大數(shù)據(jù)集的支持

使用新工具包裝數(shù)據(jù)：新函數(shù)、新語法、新輸出等等

訪問多結(jié)果：全新的分析常量對(duì)話框

簡(jiǎn)化協(xié)作：使用Prism Cloud測(cè)試版發(fā)布、共享和討論您的工作

還有多！




開放的文件格式

Prism文件包含大量關(guān)于您工作的有用信息：從原始數(shù)據(jù)到您選擇的分析選項(xiàng)和后續(xù)結(jié)果，再到您創(chuàng)建的自定義圖形。但歸根結(jié)底，這都是你的工作。我們相信您應(yīng)該始終能夠訪問它。這也是我們選擇與prism 10一起發(fā)布新的.prosm文件格式的原因之一?！?/span>




該文件格式使用.prsm文件擴(kuò)展名，以可訪問的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)格式（如CSV、PNG和JSON）存儲(chǔ)原始數(shù)據(jù)、分析參數(shù)和結(jié)果以及自定義圖形。




通過利用先前實(shí)驗(yàn)或分析中收集的數(shù)據(jù)，您可以促進(jìn)有效的數(shù)據(jù)重用，并提高研究的透明度，以便在未來的實(shí)驗(yàn)中做出明智的決定。本著保護(hù)互操作性和可重用性的精神，新的文件格式允許您接受FAIR數(shù)據(jù)原則。




我現(xiàn)有的工作怎么樣？




無論您是剛開始使用Prism還是已經(jīng)使用了幾十年，我們都知道保持對(duì)結(jié)果的訪問是多么重要（畢竟，這就是我們初始選擇采用開放格式的原因?。Ｒ虼?，我們不希望您無法訪問您以舊文件格式（擴(kuò)展名為.pzfx或.pzf）生成的任意Prism文件。這就是我們?cè)赑rism 10中引入“兼容性模式”的原因。




Prism 10的新功能僅與新的文件格式兼容。當(dāng)嘗試保存為較舊的格式（.pzfx或.pzf）時(shí)，Prism將自動(dòng)檢查文件中是否存在任意這些不兼容之處，并在存在任意不兼容之處時(shí)向您發(fā)出警告。如果沒有，文件將按照您的預(yù)期保存。




一種響應(yīng)P值匯總方法




在Prism 10中，我們引入了一種新的響應(yīng)P值匯總方法，使全部人都能很容易地解釋您的結(jié)果。我們新的“一個(gè)或無”P值樣式如果P值**用于測(cè)試的統(tǒng)計(jì)閾值（alpha），則為其*一個(gè)星號(hào)，如果大于該閾值，則不*星號(hào)。




重要的是，與其他P值匯總方法不同，這一方法將始終考慮所使用的alpha值。無論您使用的alpha是0.05、0.01還是任意其他值，您都能夠準(zhǔn)確地解釋此P值摘要。請(qǐng)記住，您應(yīng)該始終報(bào)告用于分析的alpha級(jí)別。就這么簡(jiǎn)單！




為什么這很重要？




對(duì)于其他P值匯總方法，0.032的P值可能會(huì)被*一個(gè)星號(hào)（*），導(dǎo)致觀眾錯(cuò)誤地認(rèn)為它**所選的0.01的阿爾法閾值。然而，當(dāng)使用不同的方法時(shí)，這種缺乏清晰度的情況變得加困難。




雙向方差分析多重比較的新選擇

在進(jìn)行雙向方差分析后，通常有興趣檢查多組單獨(dú)的成對(duì)組比較，也稱為Prism中的“多重比較”。




在Prism 10中，現(xiàn)在可以很容易地執(zhí)行行和列內(nèi)的同時(shí)比較，從而提供了一種處理多次比較的簡(jiǎn)化方法。以前，這種比較必須單獨(dú)進(jìn)行，這增加了復(fù)雜性，并損害了各種比較的校正精度。Prism 10中的這一新功能簡(jiǎn)化了流程，確保應(yīng)用適當(dāng)?shù)男Ｕ?，同時(shí)能夠有效分析行和列中的比較。




在Prism 10之前，這些比較必須單獨(dú)進(jìn)行（一次查看行內(nèi)的比較，另一次查看列內(nèi)的比較）。在Prism 10中，我們添加了這種新的多重比較方法作為新的默認(rèn)選擇。




用于圖形定制和數(shù)據(jù)探索的新工具

我們?yōu)槟鷦?chuàng)建了一種全新的方式來與多變量數(shù)據(jù)交互并從中自定義圖形。新的圖形檢查器通過在一個(gè)位置為多個(gè)變量圖形組合您喜愛的自定義工具，為數(shù)據(jù)可視化提供了新的控制級(jí)別。此側(cè)面板在與圖形交互時(shí)始終可用。它提供實(shí)時(shí)改和可視化新，并能夠比以前快、直觀地繪制氣泡圖。




這也為數(shù)據(jù)探索提供了一種具觸覺的方法，允許您選擇單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)來高亮顯示它并查看其屬性（從表中），或者再次單擊以高亮顯示其在圖形上的對(duì)應(yīng)點(diǎn)組。




訪問的數(shù)據(jù)比以往任意時(shí)候都多

任意一個(gè)數(shù)據(jù)表中可以包含的列數(shù)都增加了一倍?，F(xiàn)在，您至多可以在2048列中擁有數(shù)據(jù)（每個(gè)列中至多有512個(gè)子列）。這是Prism 10中一行中總共**過100萬個(gè)值：這是Excel工作表中一行的64倍！Prism 10還允許您根據(jù)需要打開任意多個(gè)窗口，從而取消了僅同時(shí)打開16個(gè)單獨(dú)窗口的限制。




性能改進(jìn)的其他領(lǐng)域包括導(dǎo)出大范圍的數(shù)據(jù)、渲染圖形、在項(xiàng)目文件中的圖紙之間切換、導(dǎo)出圖形和布局以及模擬大量數(shù)據(jù)。




訪問比以往任意時(shí)候都多的結(jié)果

分析常量對(duì)話框（也稱為“Hook常量對(duì)話框”）的組織結(jié)構(gòu)得到了較大的改進(jìn)。現(xiàn)在，結(jié)果被組織成一個(gè)易于導(dǎo)航的樹結(jié)構(gòu)，每個(gè)分析都有多個(gè)層次的組織，可以很容易地深入到感興趣的特定值。該樹結(jié)構(gòu)與Prism內(nèi)部用于將計(jì)算結(jié)果存儲(chǔ)在新文件格式中的結(jié)構(gòu)相同，使全部人都可以輕松查看這些值（即使沒有Prism！）。




“分析常量”對(duì)話框現(xiàn)在涵蓋了Prism分析的整個(gè)庫。以前版本的Prism中分析常量對(duì)話框中沒有的雙向方差分析等分析結(jié)果現(xiàn)在可以鏈接。




使用所有新工具整理數(shù)據(jù)

Prism 10為多變量數(shù)據(jù)表引入了一系列新工具，幫助您的數(shù)據(jù)做好分析和繪圖準(zhǔn)備。這包括使用“提取”和“重排”將多變量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為Prism的其他數(shù)據(jù)表結(jié)構(gòu)時(shí)的新選項(xiàng)，以及可用于“選擇和變換”分析的新變換。




Prism Cloud Beta：協(xié)作變得簡(jiǎn)單

Prism Cloud測(cè)試版是一款全新的基于web的應(yīng)用程序，允許您發(fā)布、共享和與同事討論您在Prism中已經(jīng)完成的工作。隨著Prism 10的發(fā)布，Prism Cloud工作區(qū)將開始為選定的Prism訂閱自動(dòng)創(chuàng)建。登錄Prism Cloud并訪問Prism Cloud工作區(qū)后，您所要做的就是打開Prism文件，單擊Prism Cloud工具欄圖標(biāo)，然后將您的作品發(fā)布到Prism Cloud。




從那里，您可以與工作區(qū)的其他成員共享您的工作，或者邀請(qǐng)其他Prism Cloud用戶直接查看您的工作。在查看您的工作時(shí)，其他人可以通過在您發(fā)布的項(xiàng)目中創(chuàng)建討論直接為您提供反饋。停止來回發(fā)送電子郵件，開始快地獲得您需要的反饋！




增強(qiáng)的功能和改進(jìn)




新功能




全新的文件格式

創(chuàng)建和自定義多變量圖的所有新方法

圖形檢查器

重新設(shè)想格式的圖形對(duì)話框

無限圖形畫布

全新的圖形引擎，從頭開始構(gòu)建，具有*特的功能

選擇以**顯示（組）

實(shí)時(shí)定制

Prism Cloud集成

大快

主要性能改進(jìn)

增加了數(shù)據(jù)限制（2048）

多你所愛的

新的P值樣式

雙向方差分析后多重比較的改進(jìn)

新的多重比較方法

選擇特定比較




數(shù)學(xué)功能




擴(kuò)展的選擇和轉(zhuǎn)換分析功能




引入了能夠創(chuàng)建分類變量的“IF（）”函數(shù)。例如IF（A<18，“兒童”，“成人”）




增加了標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)換函數(shù)：min（變量）、max（變量）和mean（變量）




引入了一個(gè)連接函數(shù)來創(chuàng)建分類變量。例如，如果A=“Smith”和B=“John”，則連接（B，“”，A）=“John-Smith”（注意中間的“”在兩個(gè)*值之間引入了一個(gè)空格）




在使用“變量與值”選擇行時(shí)添加了“不丟失”選項(xiàng)




為其他用戶定義函數(shù)引入了額外的轉(zhuǎn)換工具（例如，在非線性回歸中）




“與”和“或”函數(shù)的替代形式。以前，Prism會(huì)期望形式（X>3 AND X<10）。Prism 10接受等效形式AND（X>3，X<10）




使用IF（）函數(shù)時(shí)，可以將null值*為“”或使用null。例如，如果Y值為空，函數(shù)if（Y=“”，5,10）將返回值5。如果Y不為空，它將返回10。類似地，如果Y=5，函數(shù)if（Y=5，NULL，3*Y）將返回一個(gè)空缺（NULL）值




介紹了一種新的雙向方差分析的多重比較方法：比較僅相差一個(gè)因子的細(xì)胞的平均值。在行和列內(nèi)同時(shí)執(zhí)行多個(gè)比較，同時(shí)正適當(dāng)?shù)谋容^總數(shù)




增加了在雙向方差分析后進(jìn)行多重比較時(shí)選擇特定比較的能力




較大地?cái)U(kuò)展了使用“分析常數(shù)/掛鉤常數(shù)”對(duì)話框可以掛鉤的分析常數(shù)（結(jié)果）的數(shù)量




新了“變換”對(duì)話框中函數(shù)的命名（以及其他相關(guān)分析）。為了保持一致性，所有函數(shù)現(xiàn)在都是小寫（例如，我們現(xiàn)在在“轉(zhuǎn)換”對(duì)話框中使用“日志”而不是“日志”）




添加了一個(gè)新的響應(yīng)P值摘要樣式：“一個(gè)或無”。對(duì)于這種樣式，任意***阿爾法閾值的P值都將被分配一個(gè)星號(hào)，而所有其他P值將被分配“ns”（在使用FDR校正方法的情況下為“nd”）。如果alpha發(fā)生改，這些P值摘要分配將自動(dòng)新




當(dāng)使用比較校正的FDR方法時(shí)，新了成對(duì)比較的行為。在這種情況下，將始終使用新的“一個(gè)或無”P值樣式，并且浮動(dòng)注釋將解釋添加的星號(hào)的解釋。此外，摘要“nd”用于表示“未發(fā)現(xiàn)”




介紹了在使用提取和重排分析創(chuàng)建XY表時(shí)定義主題/復(fù)制變量的能力。所選變量的值將成為創(chuàng)建的表的子列標(biāo)題




改進(jìn)了當(dāng)使用“總分?jǐn)?shù)”分析且存在空缺（排除）行或列時(shí)顯示的浮動(dòng)注釋的措辭




非數(shù)學(xué)




將可添加到每個(gè)數(shù)據(jù)表的數(shù)據(jù)列數(shù)增加一倍（從以前版本的Prism中的1024列增加到Prism 10中的2048列）




刪除了對(duì)可以同時(shí)打開的文檔數(shù)量的限制（以前版本的限制為16




在“選擇和變換”對(duì)話框中添加了“全選”和“取消全選”指令




添加了上下文菜單指令，用于在多變量圖上按大小或顏色選擇數(shù)據(jù)點(diǎn)




新了多變量圖形上顏色分配的行為，以便圖形的顏色范圍基于源數(shù)據(jù)表中的數(shù)據(jù)范圍，而不是圖形上顯示的數(shù)據(jù)




介紹了使用“雙擊”方法根據(jù)大小或顏色選擇數(shù)據(jù)組的能力




新了多個(gè)變量圖形圖例的行為，使其范圍基于源數(shù)據(jù)表中的數(shù)據(jù)范圍，而不是圖形上顯示的數(shù)據(jù)




新了帶有負(fù)數(shù)的軸前綴的行為，使其出現(xiàn)在負(fù)數(shù)和值之間（而不是出現(xiàn)在負(fù)數(shù)之前）




為.pzf和.pzfx文件實(shí)現(xiàn)了“兼容性模式”，允許在Prism 10中無縫訪問這些遺留文件格式




在檢驗(yàn)到公式錯(cuò)誤的情況下，改進(jìn)了Prism公式編輯器中光標(biāo)放置的行為




（Windows）啟用從蒙特卡洛結(jié)果表調(diào)用的“改”菜單中的“數(shù)據(jù)分析…”項(xiàng)




（Mac）為圖形上的“帶星號(hào)的直線”對(duì)象啟用主菜單指令“排列”>“位置對(duì)象”




（Mac）新了Cmd+Backspace鍵盤快捷鍵的行為。在表上且不處于編輯模式時(shí)，此快捷方式將清理選定的單元格。在編輯模式下，此鍵盤快捷鍵將清理從行開始到當(dāng)前光標(biāo)位置的文本。在以前版本的軟件中，即使在文本編輯模式下，此快捷方式也可能已清理選定的單元格，這是意外的




表現(xiàn)

Prism 10經(jīng)過優(yōu)化，在以下情況下比Prism 9快：




保存Prism文件（尤其是包含大量數(shù)據(jù)的文件）




從數(shù)據(jù)表中導(dǎo)出大范圍的數(shù)據(jù)




渲染圖形




在工作表之間切換




導(dǎo)出圖形和布局




模擬大量數(shù)據(jù)




修正了以前導(dǎo)致錯(cuò)誤結(jié)果的分析錯(cuò)誤




修正了使用“變量與值”功能選擇行時(shí)選擇和轉(zhuǎn)換分析的問題，而輸入數(shù)據(jù)包含所選變量的空缺值。在某些情況下，這些空缺行被錯(cuò)誤地返回為與選擇條件匹配




修正了其他與分析相關(guān)的Bug




修正了“選擇并變換”分析，因此如果沒有為自定義變換提供標(biāo)題，Prism將使用參數(shù)對(duì)話框中下拉菜單中的變換定義。請(qǐng)注意，在為這個(gè)新變量生成的（綠色）結(jié)果表中不會(huì)使用任意標(biāo)題




修正了“刪除基線和列數(shù)學(xué)”分析結(jié)果顯示較小值而不是“0”的問題




修正了在“參考水平”選項(xiàng)卡中為分類變量選擇自定義項(xiàng)目后，在多元線性回歸參數(shù)對(duì)話框的“插值”選項(xiàng)卡中意外重置“一級(jí)（默認(rèn)）”項(xiàng)目的問題




將結(jié)果選項(xiàng)卡的名稱從“Mean diff.CI plot”改為“an of ratio CI plot”，創(chuàng)建時(shí)選擇了“Graph CI of geometric means of ratio”選項(xiàng)，以進(jìn)行比率配對(duì)t檢驗(yàn)




修正了“提取并重新排列”分析生成的結(jié)果中帶有變量的列的順序，以正確說明負(fù)值




修正了“多重t檢驗(yàn)”分析結(jié)果表中用于多重比較的?ídák-Bonferroni方法名稱中的拼寫錯(cuò)誤




啟用“參數(shù)：簡(jiǎn)單線性回歸”對(duì)話框中min和max值的“使此選項(xiàng)卡上的選項(xiàng)成為未來擬合的默認(rèn)選項(xiàng)”




（Windows）在“參數(shù)：模擬列數(shù)據(jù)”對(duì)話框中為**過256的數(shù)據(jù)集啟用掛鉤按鈕




(Windows)解決了在"表格"中選擇不合適的表格的問題。"分析數(shù)據(jù)"對(duì)話框"蒙特卡洛"分析"部分 




(Windows)解決了"參數(shù):蒙特卡洛"對(duì)話框"參數(shù)表"標(biāo)簽分析常樹中出現(xiàn)的信任區(qū)間標(biāo)題損壞問題 




(Windows)可以在"參數(shù):模擬XY數(shù)據(jù)"對(duì)話框的"參數(shù)值和列標(biāo)題"選項(xiàng)卡中選擇**過256個(gè)數(shù)據(jù)集 




(Windows)解決了Prism在試圖為非線性回歸分析創(chuàng)建一個(gè)新的方程時(shí)會(huì)崩潰的問題 




解決了"參數(shù):選擇和轉(zhuǎn)換"對(duì)話框中排除源數(shù)據(jù)表中一個(gè)值時(shí)丟失轉(zhuǎn)換定義的問題 




解決了"參數(shù):多重邏輯回歸"對(duì)話框選項(xiàng)卡中在修改"模型"選項(xiàng)卡上的結(jié)果值后沒有自動(dòng)新結(jié)果標(biāo)簽的問題




在修改了軸范圍的min值和max值之后,解決了圖表上顯示意外值而不是"0"的問題




圖像錯(cuò)誤




修正了在畫廊視圖模式下沒有新圖預(yù)覽的問題 




修正了一個(gè)問題,即使用"日志10"比例尺的左Y軸編號(hào)在布局表中的圖表中意外地被剪掉。 




將位置對(duì)象對(duì)話框中的角度輸入限制在360度 




(窗口)解決了以下問題:如果使用**過1000個(gè)單元格生成圖形,則將符號(hào)在分組的交叉圖上剪下 




解決了將多個(gè)變量圖導(dǎo)出到Tif或PNG文件格式時(shí)缺少透明度的問題 




解決了這樣一個(gè)問題,即在"單向變異數(shù)分析"之后對(duì)選定的兩列進(jìn)行對(duì)對(duì)比較時(shí),沒有使用特征轉(zhuǎn)移到新的圖中


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